一、碱性染料对染色体染色的原理
细胞核中的染色质(体)内含有脱氧核糖核酸(即DNA)，属酸性物质，可电离出H，而使自身带负电荷，所以它能与碱性染料(如龙胆紫)电离出的带正电荷的助色基团通过电荷间的引力作用牢固结合，从而被染料染上颜色。在“植物细胞有丝分裂的观察”实验中，若用盐酸解离后不漂洗直接染色，则由于盐酸是一种强酸，而脱氧核糖核酸是一种弱酸，盐酸的存在会抑制脱氧核糖核酸的电离，从而使脱氧核糖核酸无法与龙胆紫中带正电荷的助色基团结合，这样染色质就无法被染上颜色。
二、碱性染料和酸性染料
1、作为染色剂必须具备两个条件：
一是具有颜色；产生颜色的部分称为发色基团
染料的颜色和它与组织间的亲和力是由染料本身的分子结构决定的。分子结构的某些基团吸收某种波长的光，而不吸收另外波长的光，从而使人觉得好像这一物质“发出颜色”似的，因此把这些基团称为“发色基团”。
二是要与被染组织间有亲和力，与组织间产生亲和力的部分称为助色基团
助色基团的存在使染料物质离子化，极性增强，促进染料与组织间发生作用， 产生染色效果。
例如：碱性染料龙胆紫结构式如图所示，其中由三苯甲烷构成发色基团，由(一 N(CH3)2)构成助色基团。(一N(CH3)2)是极性基团，在水中电离时，可与H结合而带正电使染料分子能够与带负电的物质结合，从而使其染上颜色。在配制龙胆紫染液时通常需加入乙酸，酸性条件下H 多，可促进龙胆紫的电离极化。
2、碱性(或酸性)染色剂的界定并非由染料溶液的pH值决定的，而是根据染料物质中助色基团电离后所带的电荷来决定的。
助色基团带正电荷的染色剂为碱性染色剂（又称阳离子染料）。
助色基团带负电荷的染色剂为酸性染色剂（又称阴离子染料）。
3、高中阶段涉及的碱性染料主要有两种：龙胆紫、醋酸洋红，其染料本身的PH值呈酸性。
从配制方法上看。龙胆紫染液的配制过程：取龙胆紫溶解在2％乙酸溶液，直到溶液不变成深紫色为止；醋酸洋红的配制过程：取100mlA5％乙酸，煮沸30s，加入1g洋红，搅拌，再煮2～这两种碱性染料的配制过程中用到的溶剂都是乙酸。
龙胆紫PH值：3.0-5.0 醋酸洋红PH值：1.9
三、其他碱性染料
生物学常见的碱性染料有:龙胆紫、醋酸洋红、苏木精、甲基绿、吡罗红等等
高中实验《观察细胞内DNA和RNA的分布》，利用甲基绿和吡罗红的混合染色剂对细胞进行染色，甲基绿将DNA染成绿色而吡罗红将RNA染成红色，以观察DNA和RNA在细胞内的分布情况。
四、苏木精-伊红染色法（简称HE染色法）
苏木精为碱性染料，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色。
伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色
